Der Hauptaltar wurde zwischen 1853 und 1858 zusammen mit einer Reihe von Umbauarbeiten des presbyterianischen Teils der Kirche errichtet. Der Altar lehnt sich nicht an die Wand, sondern hat einen Tisch aus weißem Marmor und einen Tabernakel – 1866 hinzugefügt – in Form eines klassischen Tempels, der von einer kreisförmigen Kuppel auf acht Säulen überragt wird, nach einem sich wiederholenden Stil des Neoklassizismus, der typisch für den Eklektizismus der zweiten Hälfte des neunzehnten Jahrhunderts ist.
Die kleine weiße Marmorfassade aus den 50er Jahren, die den zentralen Tabernakel flankiert, enthält sechs Bronzemedaillons, die die Paten der Kirche, die heiligen Fermo und Rustico, darstellen, das eucharistische Symbol des Pelikans, der die Kleinen füttert, die Mutter Gottes des Rosenkranzes, den heiligen Biagio und das Osterlamm.
An den Seitenwänden des Altars befinden sich zwei weiße Steinstatuen, links der Erzengel Gabriel und rechts die angekündigte Mutter Gottes, beide von den Brüdern Orazio und Francesco Marinali aus dem späten 17. Jahrhundert.
In der Apsis befindet sich das, Ende des 17 Jahrhunderts realisierte, Altarbild „Heiliger Carlo Borromeo verehrt die Dreifaltigkeit“.
